La Comisión ejecutiva es el órgano de gestión y representación de la AUIP y está formada por un presidente, el presidente anterior, un vicepresidente primero, hasta cuatro vicepresidentes y un máximo de catorce vocales. Éstos son designados y revocados por la Asamblea General de entre los socios de número o sus representantes. La composición de la actual Comisión Ejecutiva es la siguiente:

EDUARDO GONZÁLEZ MAZO
Rector de la Universidad de Cádiz, España
Desde 2008 es catedrático de Química Física en la Facultad de Ciencias del Mar y Ambientales de la Universidad de Cádiz. Cuenta con la concesión del Primer Premio Nacional de Investigación en Innovación Tecnológica 2007, otorgado por el Centro para la Prevención y Lucha contra la Contaminación Marítima y del Litoral del Ministerio de la Presidencia, al igual que el primer premio Cátedra Cepsa en Innovación en temas de Energía, Petróleo y Medio Ambiente. En 2011 fue elegido rector de la Universidad de Cádiz, cargo que renovó en 2015. Es presidente de la Asociación Universitaria Iberoamericana de Postgrado (marzo, 2016), de la Asociación de Universidades Públicas de Andalucía (AUPA) desde noviembre de 2014 y de la Fundación CEI·Mar, así como representante de la Conferencia de Rectores de las Universidades Españolas (CRUE) en la Comisión de Coordinación y Seguimiento de las Actividades de los Buques Oceanográficos (COCSABO) del Ministerio de Economía y Competitividad.
PRESIDENTE ANTERIOR Francisco González Lodeiro VICEPRESIDENTE PRIMERO Edgar Varela Barrios VICEPRESIDENTES Miguel Ángel Castro Arroyo Juan Eulogio Guerra Liera Ricardo Rivero Ortega Sandro Roberto Valentini VOCALES Juan Oswaldo Alfaro Bernedo Francisco Javier Avelar González |
Alberto E. Barbieri José Eusebio Consuegra Bolívar Kitty Gaona Franco Hugo Juri Antonio Martinón Cejas José Ángel Narváez Bueno Miriam Nicado García Sergio Milton Padilla Cortez Cecilia Paredes Verduga María Antonia Peña Guerrero Juan Romo José Vicente Saz Pérez |
En las reuniones de la Comisión Ejecutiva participan también, como invitados, los presidentes honorarios pudiendo intervenir en las deliberaciones con voz pero sin voto. Los presidentes honorarios son designados por la Asamblea General entre aquellas personas que, habiendo ocupado la presidencia se distingan por importantes servicios prestados a la asociación. En la actualidad, los presidentes honorarios son:
PRESIDENTES HONORARIOS
(por orden alfabético de primer apellido)
David Aguilar Peña
Ex-Rector de la Universidad de Granada, España.
Ignacio Berdugo Gómez de La Torre
Ex-Rector de la Universidad de Salamanca, España.